Найважливішою галуззю сільського господарства Естонії є тваринництво, в якому найбільша частка припадає на молочне скотарство. З сільськогосподарських культур найбільше значення мають зернові, олійні культури, картопля, овочі і льон.
Станом на 31 грудня 2004 р. поголів'я худоби в Естонії складало 249100 голів великої рогатої худоби, включаючи 114 900 корів, 353700 свиней, 44500 овець і кіз, а також 2042000 голів домашньої птиці. Було зібрано 599,7 тис. тонн зернових культур, 178,9 тис. тонн картоплі, 40,8 тис. тонн овочів відкритого ґрунту і 3,6 тис. тонн бобових культур.
Найбільший прибуток галузі сільського господарства приносить продукція молочної промисловості. За даними структурного дослідження 2003 р., кількість сільськогосподарських підприємств складала близько 36,8 тисяч і сільськогосподарських угідь 795,6 тис. га. 70% підприємств обробляли сільськогосподарські угіддя площею менше 10 га, при цьому володіючи 12% сільськогосподарських угідь. Велика частина сільськогосподарських угідь (66%) оброблялася підприємствами, у користуванні яких було понад 50 га сільськогосподарських угідь, в середньому 244 га.